Portabilidad
Asumir que estén habilitadas, o deshabilitadas, afecta la portabilidad. Use get_magic_quotes_gpc() para verificar su valor, y escriba su código de forma acorde.
Rendimiento
Ya que no todo fragmento de datos escapados es insertado en una base de datos, existe una pérdida en rendimiento al escapar todos esos datos. Simplemente llamar las funciones de escape (como addslashes()) en tiempo de ejecución es más eficiente.
Aunque php.ini-dist habilita estas directivas por defecto, php.ini-recommended las deshabilita. Esta recomendación se hace principalmente por razones de rendimiento.
Inconveniencia
Ya que no todos los datos necesitan ser escapados, con frecuencia resulta molesto ver datos escapados cuando no debieran estarlo. Por ejemplo, enviar un correo electrónico desde un formulario y ver un montón de \' en el mensaje. Arreglar esto puedo requerir un uso exagerado de stripslashes().